芽变育种是果树培育新品种的常用方法之一。芽变是体细胞突变的一种形式，发生于植物体芽的分生组织细胞中，是指芽萌生为枝条或由此长成的个体的性状上表现出与原类型不同的现象。一般以枝条变异的形式出现。芽变育种就是利用发生变异的枝条、芽进行无性繁殖，使该性状固定，再通过比较鉴定，培育新品种的选择育种法。但并不是所有的枝条、芽性状改变都是芽变，可通过对芽变植株遗传物质鉴定的方法来辨别。目前，已利用芽变育种的方式选育了很多优良品种。笔者介绍几个常见果树树种近年来利用芽变选育的新品种。
苹果是遗传性高度杂合的多年生木本植物，芽变频率较高，在栽培过程中极易产生芽变，据统计全世界主推苹果品种中大约有一半左右来自于芽变育种。
1.1 红光2 号
红光2 号(图1)是由河北省林业科学研究院、林木良种工程技术中心、农林科学院石家庄果树研究所和中铁（石家庄）设计研究院有限公司共同从国光苹果中选育出的芽变新品种。该品种果实扁圆形，果皮深红色，着色指数0.95，果面光滑，蜡质中等厚，果肉黄白，肉质紧密，风味偏酸，香味浓；平均单果质量138.1 克，最大单果质量245 克，果形指数0.75；每果实含种子4 粒。可溶性固形物含量16.98%，可滴定酸含量0.73%，糖酸比23.3，硬度10.5 千克/平方厘米，品质上等。果实生育期170 天。花序花朵数5.5 个，拉枝刻芽处理后萌芽率78.2%，成枝力极强。以八棱海棠为砧木，抗寒、抗旱、耐盐碱，植株树体健壮。第3 年开花结果，树龄5 年后产量22.5 吨/公顷。审定号：冀S-SV-MP-012-2014。适应张家口、承德等高寒、高海拔山地环境，也可在平原、丘陵区栽植。在张家口怀来地区（东经115.52°、北纬40.4°）10 月中、下旬成熟。
1.2 龙富
龙富（图2）是由山东农业大学作物生物学国家重点实验室、园艺科学与工程学院、山东省龙口市果树研究所从长富2 选出的短枝型芽变新品种。2012 年12 月通过了山东省农作物品种审定委员会审定。节间长度介于长富2 和短枝型烟富6 之间，树冠比较紧凑，不会因旺长而造成果园郁闭；果实近圆形或长圆形，平均单果质量222.34 克，果实整齐度高，着色速度快，脱袋7~9 天着全红色，优质果率90%以上；果肉白色，肉质细嫩，香味浓郁，可溶性固形物含量16.1%，品质优。盛果期产量为108.8 吨/公顷，抗性与长富2 相近。适宜在中国渤海湾及西部苹果主产区栽植。可选择嘎拉、珊夏及金帅等苹果品种作为授粉树，亦可定植海棠类专用高效授粉树。\
1.3 延长红
延长红（图3）是长富2 号的片红型芽变新品种。由西北农林科技大学园艺学院、延安市果业管理局和延长县果业局选育。2014 年3 月通过陕西省果树品种审定委员会审定。果实较大，平均单果质量225 克，近圆形，高桩。果皮底色黄色，果面浓红色（片红），有光泽。果点中大，平，褐色。蜡质中多，果粉少。果心小，正，椭圆形。心室5 个，种子平均6 个。果肉黄色，肉质细，致密，石细胞少，汁液多，风味酸甜，具香气，贮藏后可溶性固形物含量可达17%。果实耐贮藏，常温下可放4 个月，冷库可贮藏6~8 个月。自然萌芽力中等，平均萌芽力为28.6%，自然发枝力较强，成枝率为39.4%，定植第3年开始结果，幼树以长果枝结果为主，成年树以短果枝结果为主，次年结果比例达19%，坐果率较高，自花结实率较低，较丰产；采前落果现象轻。抗病虫能力较强，较抗早期落叶病和腐烂病。在陕西延安地区4 月上旬萌芽，4 月中下旬开花，10 月上旬果实开始着色，10 月中旬成熟，果实生育期175 天左右，落叶期11 月中下旬。